马德里商标注册的缺点主要如下：

1、受理日延后：马德里商标注册申请需由原属国形式审核，审核时间并无申请日，可能引起抢注。

2、无注册证书：马德里商标注册只下发《国际注册证》及成员国保护通知。

3、申请信息固定：申请人名义地址、商标图样、保护产品必须与原属国注册或申请一致。

4、“中心打击”原则：从国际注册日起五年内，原属国商标的效力将影响马德里商标注册效力。

5、注册范围有限：马德里成员国目前仅92个。

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